На хвостовике вала коробки есть центрующий подшипник, так вот, когда сцепление выжато вал коробки перестает вращаться и соответственно гул или "тук-тук" пропадает(если, конечно он может издавать такие звуки). Или же это синхронизаторы.
Хотя я не специалист, могу ошибаться.

Есть вероятность, что при прокачке в систему попадает воздух из бачка с жидкостью. Дело в том, что на сцепление и тормозную систему используется один бачок, а заборная трубка для сцепления находится выше, поэтому нужно постоянно доливать бачек. Как вариант